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  日本渔业是从保护水产资源和调整渔业者之间的渔业方面出发，以各种规制措施为基础来进行作业运营的。将其从制度角度进行分类，主要可分为：沿岸渔业权渔业、离岸和远洋渔业的许可证渔业、自由渔业三种，如下图所示。

※许可及作为批准对象的鱼种・渔业法之外的情况原则上即为自由渔业。
1、沿岸渔业权渔业
  沿岸渔业权渔业是指以渔业权为基础在沿岸地区海域进行作业的渔业。具体可分为：大型定制网渔业权渔业、水产养殖权渔业、共同渔业权渔业三种渔业。同时，日本《渔业法》中将渔业权主要分为：定置渔业权、区划渔业权、共同渔业权三类。

  定置渔业权：是指利用大型固定渔具，在一定区域从事捕捞生产经营的权利。定置渔业权主要针对沿岸渔业。

  区划渔业权：是指在一定区域从事水产动植物养殖生产经营的权利。区划渔业权根据养殖设施和场所，可分为包括特定区划渔业权在内的四类：

  一是在一定区域内利用石、瓦、竹等建筑材料建设的，从事养殖生产经营的权利；二是在一定区域内利用土、石等建筑材料围筑，从事养殖生产经营的权利；三是在一定区域内从事一二类渔业权以外的海洋渔业的生产经营的权利，养殖方式为底播式养殖业等，养殖品种为蛤蜊等；四是特定区划渔业权是指在特定区域内从事第一种区域渔业(除珍珠养殖业)和第三种区划渔业(贝类养殖业)养殖生产经营的权利，养殖方式为立竿式养殖业和底播式养殖业等。
  共同渔业权：是指在一定区域内，特定地区的渔民共同利用渔场从事生产经营的权利。

2、许可证渔业
  许可证渔业是指经过农林水产省大臣或者都道府县的知事批准后方可进行作业的渔业。它比沿岸渔业权渔业规模大，主要的渔业大多数都属于许可证渔业。许可证渔业可分为：大臣许可渔业和知事许可渔业两种。
  大臣许可渔业：主要是指国家在远洋和近海渔业方面进行统一规制管理的渔业，可分为：指定渔业和特定大臣许可渔业两种。
  知事许可渔业：是指经知事的许可主要在沿岸及近海进行作业的渔业，可分为：法定知事许可渔业和其他知事许可渔业两种。

3、自由渔业
  自由渔业是指在适当尺寸范围内操作的经批准或没必要得到许可而进行作业的渔业。
  日本海洋渔业分类图

  渔业权和许可证制度曾经作为日本海洋渔业管理的一个基本框架，日本政府在不断总结以往经验教训的过程中对该框架进行细化、补充与完善，最终形成了日本现行海洋渔业管理体系。在现行体系中，日本政府虽然保留了诸多重要的渔业管理职能，但其实实际运行却主要依托于遍布沿海各地、级别不同和规模不等的各类渔业协调组织。具体各种渔业协调组织及其功能如下表所示。

日本渔业协调组织表 

  1996年，日本批准了《联合国海洋法公约》，引入了总可捕量（TAC）制度和出口规制制度。2001年修改后又引入了总许可捕获努力量（TAE）制度。日本中央政府为每种鱼类设定总可捕量和总许可捕获努力量，渔业协调组织负责分配配额和制定准入制度。

2001年，为应对日本海洋渔业环境变化，如200海里专属经济区的确立、自给能力的下降以及渔业生产者老龄化等，日本政府颁布了《渔业政策基本法》。该法律以“确保渔业产品的稳定供给”和“促进渔业健康发展”为基本原则，以达到实现生产者之间与城市和渔村之间的互利。